Ten, kur Nemunas palikęs Punios šilą daro didžiausią kilpą, ant dešiniojo kranto įsikūrusi sena Nemajūnų gyvenvietė. Vietovės labai vaizdžios. Kalneliai, slėniai, vinguriuojantys upeliai, miškai, gojeliai visa tai buvo puikus paskatas įtraukti mūsų vietoves į Nemuno kilpų regioninio parko teritoriją. Apylinkėse stūkso keletas piliakalnių: Paverknių (Ginkaus), Babronių, Šilėnų, Nemajūnų. Dar ne visas paslaptis atskleidė Šilaičių pilkapiai ir Nemajūnų senkapis.Legendomis apipintos Nemuno ir Verknės santakoje esančio Gudakalnio kapinaitės. Antrą šimtmetį skaičiuoja Nemajūnų parapijos kapinės. Šiose kapinėse šalia darbščių artojų, audėjų, kryždirbių palaidotas veterinarijos mokslų magistras Elijošius Nonevičius, garsus savo meto specialistas.  Čia ilsisi knygnešys J.Prakapas. Kapinių koplyčioje ilsisi keliautojo, gydytojo, poeto Stanislovo Moravskio palaikai.

Kryžiuočių aprašymuose Nemajūnai minimi 14 amžiuje. Apie gyvenvietės senumą kalba aptinkamos viduriniojo akmens amžiaus stovyklų liekanos, pilkapiai, akmens kirvukai, ietigaliai.

Nemajūnai turėjo miestelio teises ir savo herbą (žydrame fone pavaizduotas šv. Kazimieras dešinėje rankoje laikantis krucifiksą, kairėje – baltą leliją. Herbas saugomas Nemajūnų bažnyčioje. Parapija Nemajūnuose buvo įkurta 1786 metais.  Nemajūnų kaimo puošmena – bažnyčia baigta statyti 1877-1878 metais. Ši bažnyčia yra vienas iš nedaugelio medinės gotikos paminklų. Ją puošia Peterburgo dailės akademijos akademiko Nikodemo Silvanavičiaus paveikslai, skulptoriaus Herkulijaus Eismonto skulptūros.  Šiuo metu didelio susidomėjimo sulaukė „stebuklingas“ kilimas.

1910 metais buvo įkurta vandens matavimo stotis, veikia ir dabar.

19 amžiuje miestelis ėmė nykti. Jo likimui turėjo įtakos tai, kad valsčiaus centras iš Nemajūnų buvo perkeltas į Birštoną.

Buvo planų statyti hidroelektrinę ir tuomet Nemajūnai būtų buvę paskandinti, todėl 1965 metais iš miestelio buvo iškelta mokykla. Nemajūnų mokyklos vardas rašytiniuose šaltiniuose aptinkamas nuo 1802 metų.